Il n'y a que l'orgue et le tapis qui pourraient vraiment être une illusion, car ils disparaissent comme par enchantement lorsque le combat contre Ganondorf commence. Le reste est simplement détruit par l'espèce d'explosion d'énergie que provoque Ganondorf après qu'on l'ait battu.
Pour ta question Cap, je ne crois pas que le Ganondorf qu'on voit à ce moment là soit le vrai, puisqu'il ne change jamais d'expression faciale et qu'il ne possède même pas de pupilles. Je crois qu'il s'agit plutôt d'une espèce de marionnette, qui se transforme et grossit pour devenir Alter Ganon, contrôlée par le vrai Ganondorf qui se trouve tout en haut de la salle. Peut-être donc que Zelda et le lit sont des illusions du même genre, ou peut-être que le lit a été tiré vers le plafond avec un système de cordes semblable à celui utilisé pour contrôler Alter Ganon.
Et si ma dernière explication pour l'orage ne te satisfait pas, j'en ai une autre pour toi.
Hyrule, ou plutôt, le château et ses environs, sont scellés sous l'eau par magie, on s'entend là-dessus. Ils se trouvent dans une sorte de grosse bulle d'air protégée de l'océan et qui doit probablement posséder son propre micro-climat. On peut imaginer, donc, que lorsque l'eau se met soudainement à entrer après le voeu du Roi, que ce climat est perturbé, que la température diminue à cause de l'eau froide et que cela provoque un orage.