Je ne penses pas qu'il faille s'en faire pour les incohérences.
Les sujets du royaume Sheikahs, Hyliens etc. on déterrés la technologie Sheikahs antique suite à la prédiction du devin. S'en suit des recherches de la part des cerveaux Faras, Pru'ha et Zelda (Impa aussi ?) qui à force de recherches ont possiblement réussis à réactiver les sanctuaires et les tours (ils ont bien réussis à réactiver un gardien cf. souvenir du château). D'ailleurs il est bien dit dans un souvenir (ou une cinématique) que Zelda a tenté d'ouvrir un sanctuaire avec la tablette mais que cela n'a pas fonctionné. Vraisemblablement car (maintenant on le sait) dédié au héro de légende pour aguerrir son corps et affuter son esprit. Si elle a tenté cela ont peu aisément penser qu'ils étaient au moins allumés.
On peut très bien imaginer que Faras contourne/s'approprie les technologies de la tablette/Sheikah antique en concevant le mini gardien et active par lui même les modules en mode brute force à l'aide du chauffe biberon sur pates.
Et concernant les tours ils peuvent nous sortir un truc du genre l'énergie pour faire fonctionner le sanctuaire de la résurrection était telle, que tous les systèmes Sheikahs ont du être remis en veille pour l'alimenter, ou même, mesure d'urgence ils sont allé couper le compteur pour éviter que les armées de Ganon puissent faire plus de mal qu'elles n'en avaient déjà fais, ce qui "éteint" les sanctuaires et désactive les tours.
Je pense que plusieurs ressorts scénaristiques pas trop capillotractés sont possibles pour respecter la cohérence de l'ensemble. Après c'est aussi tout à fait possible qu'ils fassent n'importe quoi et qu'on se retrouve avec d'nièmes incohérences sur les bras. wait and see, il reste 1 mois