J'ai moi aussi ma petite hypothèse pour la temporalité, mais elle fait abstraction de la division de la timeline.
Lorsque Link récupère la Master Sword, il ouvre une brèche entre deux époques, elles évoluent à la fois de façon linéaire et parallèle, mais seulement pour Link. En effet, dans l'époque de Link adulte, les futures actions de Link enfant se sont déjà produites, c'est le futur pour Link, mais le passé ici, tout est précalculé. À la fin du jeu, la brèche se referme et le futur s'efface donc. Survient le problème de Ganondorf: il n'est pas scellé.
Que Zelda adulte ait tout prévu et utilisé un enchantement a retardement, qu'il y ait intervention divine ou toute autre chose, toujours est-il que Link et Navi (bah oui, elle aussi elle parcourait le temps) sont avertis, par vision ou par rêve, qu'ils doivent s'exiler hors d'Hyrule jusqu'à ce que Ganondorf soit vaincu. Le temps d'un adieu et il faut partir, les évènements en Hyrule reprennent leur place, là-bas, Zelda ne lui a jamais remis l'ocarina, elle va le remettre à l'ancien lui, mais pour lui, c'est arrivé. Il y a donc "bitemporalité simultanéeTM" entre le Link d'après OoT, et donc de M'sM, et celui d'OoT qui va dormir dans le sanctuaire pendant sept ans et vaincre Ganondorf.
Après, les rencontre de Link hors d'Hyrule avec des voyageurs allant à Hyrule pourrait affecter le futur par le principe de "l'effet papillon", mais en y réfléchissant, lorsque Link était adultes, tout cela était déjà arrivé, le tout s'équilibre :D.
Autrement, je trouve le paradoxe du chant des tempêtes plutôt intéressant. Un chant que l'on apprend à celui qui nous l'a appris, une mélodie qui s'est créé d'elle-même et dont l'apparition n'est pas une invention mais une diffusion. C'est une vision assez poétique de l'art où l'œuvre prime largement sur l'artiste puisque celui-ci est inexistant, un air né du néant :niais:.
Edit: Autres détails étonnants mais parfaitement compréhensible du point de vue du gameplay: entre TWW et PH, Link oublie comment nager, et plus généralement, perd son équipement d'un jeu à sa suite direct.