"Par delà le temps et l'espace", ça signifie en fait qu'il a disparu de tout plan spatial et de toute époque, donc même si il y'a retour en arrière, il ne peut pas y avoir paradoxe car il aura complètement disparu.
Le seul endroit où on peut se souvenir de lui, c'est dans l'époque où Link l'a fait disparaître et où il a existé. Même si il a existé à l'époque du retrour en arrière de Link (je parle du moment où il rencontre Zelda au château), c'est comme si il avait mystérieusement disparu, donc il ne sera pas là pour déclarer son allégeance au roi, et donc Link ne le verra pas par la fenêtre.
Enfin bon, le plus important, c'est que le seul endroit où se trouve Ganondorf, c'est dans un sceau où il n'y a pas de temps ni d'espace, et qui est coupé de tout plan spatial et de toute époque. Personne ne le connaît plus, à part dans l'époque initiale, après qu'il aie été vaincu par Link, et où seul son souvenir perdure et rien d'autre.