Pour moi, c'est surtout qu'il n'y a pas d'explications à donner.
C'est un jeux vidéo et Pokémon de surcroit, il n'y a pas spécialement de cohérences à rechercher (pour reprendre un exemple ci dessus, on a un poisson qui évolue en pieuvre dans ce jeu !)
Ils veulent nous rajouter une fonction sympa, tant mieux, rien à rajouter.
Pour les méga-évolutions, c'était certes un des pans du scénario de X et Y pour comprendre le pourquoi du comment mais au final on a eu aucune explications, pareil pour le Sachanoby, les attaques Z non plus de mémoire, ...
Il faut pas voir un truc très profond, ce serait comme se poser la question du pourquoi Link a besoin d'une plume pour sauter et pas Toutou dans Link's Awakening. C'est comme ça et c'est tout.