Plusieurs versions du Pokédex précisent que des scientifiques pensent que Mew serait l'ancêtre de TOUS les Pokémon, mais je pense qu'il ne faut pas le prendre au sens strict. Arceus a quand même un statut assez particulier.
Personnellement, j'interprète surtout cette phrase comme "toutes les espèces de Pokémon ont un ancêtre commun, et cet ancêtre et Mew", ce qui exclut les Pokémon uniques qui ne sont pas vraiment des espèces à part entière. À titre d'exemple, Entei naît quand un volcan entre en erruption. On sort complètement d'un cadre scientifique logique pour entrer dans la mythologie pure et dure, ce qui laisse à penser que les légendaires n'ont pas à être pris en compte dans la descendance de Mew.
Au passage, je tiens quand même à rappeler que Mew n'est pas un Pokémon unique. À la base, c'est bien une espèce de Pokémon à part entière, dont il ne reste plus qu'un représentant à l'heure actuelle.