J'suis allé vérifier et il apparaît que le tome 1 du manga soit sorti en 1995, or, l'anime a été diffusé entre 1995 et 1996. Je n'ai pas plus de précision, donc on ne peut pas vraiment savoir d'où part le manga ou l'anime.
Toutefois, il me semble que le créateur est bien Hideaki Anno, et qu'il a travaillé en particulier sur l'anime. Je crois donc que l'histoire part de lui et que c'est l'anime qui a démarré avant le manga. Ou alors Sadamoto a dessiné le premier tome du manga sous les idées de Anno.