C'est supposer que Ganon est "plus puissant" que Ganondorf...
Personnellement, je pense le contraire. Que ce soit dans OoT ou dans TP (où on a le Gerudo autant que sa forme Bestiale), Ganondorf m'a toujours paru être le plus puissant des deux, le plus redoutable adversaire, que ça soit par la maîtrise de sa magie ou ses qualités d’épéiste monstrueux, et sa malveillante intelligence.
Ganon m’apparaît être que l'expression pure et brute de sa Haine (et par extension, celle de l'Avatar du Néant), juste une soif de destruction aveugle dirigée contre ses ennemis, (Le Royaume d'Hyrule, les Sages, la Famille Royale et le Héros), extrêmement dangereux, oui, certes, et puissant, mais il me fait pas l'effet d'avoir une véritable conscience, même si il est pas totalement dénué d'intelligence (son adaptation et sa capacité à neutraliser le plan d'Hyrule pour le vaincre est éclatante), et comme suggéré par Breath of the Wild, aspirant à redevenir Ganondorf. (on peut d'ailleurs, pour expliquer les différences de styles de combats des différents Ganon imaginer qu'à chaque défaite, à chaque bannissement, le Gérudo faiblit, laissant place à un Ganon toujours plus brutal et bestial.)