En 2015, Nintendo décide de fermer le Club Nintendo, son programme de fidélité pour le remplacer par My Nintendo. Celui-ci est finalement lancé début 2016. Pour célébrer l'ouverture de ce nouveau programme Nintendo décide de faire d'une pierre deux coups en annonçant My Nintendo PICROSS: Twilight Princess dans le but d'offrir à son programme un nouveau jeu, tout en célébrant son ouverture, mais aussi en faisant de la publicité à The Legend of Zelda: Twillight Princess HD qui sortira quelques jours après.
Le jeu sera dévelloper par le studio de développement Jupiter qui ont développer entre autre Pokémon Picross et ont donc une bonne connaissance de ce qu'est le jeu de Picross et comment l'adapté en jeux vidéo. D'ailleurs, avant de parler du jeu il serait important de parler du jeu de Picross sur table. Il s'agit d'un jeu de réflexion dont le but est de faire un dessin en noircissant les bonnes cases, tout ceci à l'aide d'indice logique qui sont sur le bord de la grille.
My Nintendo PICROSS: The Legend of Zelda: Twillight Princess est donc un jeu de picross avec des dessins provenant de The Legend of Zelda: Twillight Princess. Le jeu propose trois modes: le mode Picross qui permet de faire des picross simple de difficulté croissante, le mode Méga-Picross présentent des picross plus gros et plus complexe des dessins du précédent modes et ensuite Micross comprend des picross composé de picross, chaque case à remplir est composé de picross, permettent de révéler une plus grande image. Compléter les Picross permettant aussi d'obtenir des tampons et des messages originaux sur Miiverse.
Le jeu sort finalement le 17 mars 2016 au Japon sur Nintendo 3DS et quelques jours plus tard pour l'Occident, soit donc en même temps que le programme de fidélité My Nintendo et quelques jours avant The Legend of Zelda: Twillight Princess HD. Avec la fin de l'eshop de la Nintendo 3DS, le jeu n'est plus disponible. Il coûtait 1000 points platines du compte My Nintendo.
