Ben c'est dingue j'en parlais justement hier, de ce temple de la forêt un peu bizarre.
Il est très probable en effet que le lieu ait été réhabilité en base militaire à un moment ou à un autre, quel qu'ait été son but originel.
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Cela dit ce n'est jamais dit clairement, donc c'est une théorie, mais on sait qu'il y a eu des guerres, que la mère de Link a fui les conflits, peut-être se dirigeait-elle vers cette base militaire plutôt qu'un vieil arbre magique dont elle ne connaissait probablement rien. On peut aussi imaginer que si, les "soldats" qui y étaient ont bien subi la malédiction et ont fini par se transformer en Stalfos, hantant les lieux jusqu'à l'arrivée du héros du temps.
Dans une vidéo de Zeltik sur le fameux temple de la forêt, il imagine que le temple était au départ un premier endroit où accéder au Saint-Royaume, la pièce la mieux protégée du temple (salle du boss), ressemble en effet énormément à la salle du Saint-Royaume :
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Je ne suis pas spécialement convaincue par la théorie, je suis assez neutre, mais j'aime l'idée qu'en tout cas ce temple ait servi de base militaire.
Quant à tes propres idées, j'avais jamais remarqué !! Mais c'est assez plausible que des nonnes se soient installées dans le temple abandonné pour y vouer leurs propres cultes, d'où le nom de "confrérie". Cela dit, je connais peu de nonnes qui portent des chapeaux de paille.
Ce qui est sûr et certain, c'est que quelque chose de terrible s'est produit au temple lorsqu'elles y étaient. Le marchand de Poes à la Citadelle d'Hyrule mentionne que les Poes sont de purs concentrés de haine et apparaissent donc dans des conditions malheureuses.
Plusieurs hypothèses : Elles se sont entretuées ? C'est possible de devenir fou, coincé dans un manoir avec ses trois soeurs.
Une autre plus simple : si le lieu a servi de base militaire, il y a certainement eu des abus avec la guerre et les soldats les ont massacrées, violées ou autres choses pas très sympas (comme tu le mentionnes dans ton post).
D'ailleurs, je sais pas si c'est un fait très connu, mais leurs noms sont choisis d'après les personnages de Little Women : Meg, Jo, Beth, et Amy. Probablement pas très important, mais la référence est sympathique.
Bref, je pense que le plus plausible est que le temple a été bâti par la famille royale pour une certaine raison, puis qu'il a été oublié et abandonné et occupé par les soeurs Poes, avant que ces dernières soient massacrées par les soldats venus transformer le lieu en base militaire.
Au moment où Link pénètre dans le temple, les soeurs Poes ont déjà transformé les lieux à l'image de leur démence suite à leur mort probablement tragique : corridors tordus, tapis de velours, riches peintures : un vrai manoir hanté ! Ganondorf a dû trouver la déco sympa et a certainement rajouté les peintures dans la salle du boss, qui représentent le château d'Hyrule sous son règne.
Après, ce qu'elles faisaient dans ce temple, ces Poes, je n'ai pas plus d'idées que ça, mais j'aime tes conjectures, je n'avais jamais fait attention à leurs couleurs.