Pour les principales différences :
Les homonculus dans le manga sont des partitions de Père tandis que les homonculus dans le premier anime sont le résultat (plus ou moins bien faits) des différentes transmutations humaines.
Pour être tuer, les homonculus du manga doivent épuiser leurs pierres tandis que pour ceux de l'anime, il y a une condition d'être en présence d'une partie de la personne transmutée pour les affaiblir suffisamment. (Du coup, il y a aussi des différences dans la manière dont ils meurent)
Dans le manga, Sloth n'est pas la secrétaire de Bradley mais l'homonculus qui creuse le cercle autour d'Amnestris, Bradley est Wrath et non Pride, Pride ayant comme véritable identité Selim Bradley dans le manga.
Il y a aussi des variations par rapport à leur pouvoir avec par exemple Sloth qui est l'homonculus de la vitesse dans le manga et non un homonculus contrôlant l'eau. Il y a aussi des variations quant à la vraie forme des homonculus.
Je crois que je n'ai rien oublié.